Той е обвинен за това, че на 11 октомври 2012 г. е осуетил наказателното преследване срещу подсъдимите по делото САПАРД. Това е направил, като е депозирал допълнително писмено изложение към касационен протест, изготвен и внесен от друг прокурор.
С допълнителното изложение обвиняемият Ненков оттеглил подадения протест, съобщиха от Софийската градска прокуратура.
Спрямо обвиняемия Стойчо Ненков е взета мярка за неотклонение „парична гаранция “  в размер на 5000 лв.
Разследването продължава.