От 2000 г. до 2005 г. тя е била последователно младши и старши и експерт към отдел „Оценка на въздействието върху околната среда и комплексни разрешителни, предотвратяване и контрол на замърсяването“ в Министерството на околната среда и водите.

През последните години Бояджийска е работила като експерт в Световната банка и Софийския университет „Св. Климент Охридски“.

Мария Бояджийска е завършила магистратура по биология в Софийския университет „Св. Климент Охридски“ и е магистър по „Бизнес администрация и икономика“ от университета в Шефилд(Великобритания).