Доц. Андонов бе дългогодишен преподавател в катедра „Водни спортове“ на НСА „Васил Левски“ и изтъкнат специалист в областта на плуването и водното спасяване.

От 1993 до 2006 г. ръководи дирекция „Водноспасителна служба“ в Българския Червен кръст. В системата на спортното министерство заема поста заместник-министър при трима министри – Красен Кралев, Георги Глушков и Иван Пешев.

Стоян Андонов е майстор на спорта по плуване и световен шампион по водноспасителен многобой. Между 1983 и 1985 г. е треньор по плуване в ДФС „Левски Спартак“, а като наставник на националния отбор по водно спасяване (1987–1991) извежда България до европейска титла през 1988 г.

Поклонението пред доц. Стоян Андонов ще се състои на 7 ноември от 13:00 часа в столичния храм „Света София“.