Светецът е роден в село Скрино, в Осоговската планина, близо до днешния град Бобошево, през втората половина на IX век – време, когато християнството постепенно се утвърждава сред българите. Младостта му преминава в епохата на свети Климент Охридски и разпространението на християнската вяра в югозападните български земи.
Още от ранните си години Йоан избира духовния път. Той посвещава живота си на молитва, пост и усамотение, като прекарва дълги години на различни места, но най-продължително в Рила планина. Със своя начин на живот и пример привлича последователи и помага на множество свои съвременници да намерят път към вярата и духовното усъвършенстване.
Около него постепенно се събира общност от монаси и последователи, за които Йоан Рилски създава духовни правила и оставя писмен завет. В него той дава наставления за живота в монашеската общност и за стремежа към духовно спасение.
След смъртта си светецът е погребан в планината близо до мястото, където е живял в уединение. Години по-късно мощите му са открити нетленни и пренесени в манастирския храм. Те се пазят там и до днес и са сред най-почитаните християнски светини в България.
През вековете свети Йоан Рилски се превръща в символ на българската православна традиция, а примерът му продължава да вдъхновява вярващите в стремежа им към духовен живот и добротворство.
