Срещу Ненчев са повдигнати 2 обвинения за длъжностно престъпление, свързани със сделката с Полша за ремонта на МИГ-овете. Първото е за това, че не е привел в изпълнение втората договорка с руската корпорация МИГ за ремонт на 4 български двигатели за самолетите МИГ-29.
Второто обвинение отново е за неизпълнение на служебните задължения. В него се казва, че Ненчев, в нарушение на Закона за отбраната и въоръжените сили, не е утвърдил проект за инвестиционен разход за ремонт на агрегати и доставка на резервни части за самолетите. Според прокуратурата с действията си военният министър не е осигурил авиационната безопасност на самолетите и летците ни.