През септември 2018 г. Болсонаро стана жертва на опит за убийство. Той беше намушкан с нож в разгара на предизборната кампания.

След това той се подложи на няколко операции на стомаха, последната от които беше през юли 2021 г. в частната болница Вила Нова Стар в Сао Пауло. Днес той беше приет в същото лечебно заведение.