Директорът на "Пирогов" - проф. Стоян Миланов се оплака, че всеки ден закъснения на средствата, които трябва да бъдат преведени на "Пирогов", освен неизплатените заплати, носи и други загуби, тъй като болницата не може да заплати осигуровките на служителите си и НАП начислява лихви от по около 1500 лева на ден. Към днешната дата има около седмица закъснение.

Освен с липсващия превод на заплатите на служителите на болницата, в момента има проблеми с договора, който болницата трябва да разпише със Столичната здравна каса. Според проф. Стоян Миланов, той е тотално сгрешен, тъй като липсват ключови за болницата клинични пътеки, като консервативни урологични пътеки, което означава, че всеки пациент, който постъпи с урологични оплаквания, трябва да бъде или опериран, или да бъде връщан от болницата. И още – броят на интензивните легла на "Пирогов" е бил съкратен на 32, до миналата година болницата е обслужвала интензивен сектор без лимит. Проф. Миланов обоснова твърдението си, че договорът е сгрешен и че това не са документите на неговата болница, като даде пример, че в документа има имена на хора, които не работят в "Пирогов". Директорът на лечебното заведение смята, че решението на проблема е в среща между ръководството на болницата и столичната РЗОК. Той ги покани, ако желаят, да заповядат в "Пирогов", за да бъдат изчистени проблемите с договора.