„Сините” останаха учудени защо човек от БСП става министър в кабинета на ГЕРБ. От ГЕРБ бързо отговориха, че това са спекулации.  
„Аз не мога да отговоря, за мен това е безспорна изненада", заяви пред журналисти Веселин Методиев от Синята коалиция. „Чух г-н Воденичаров да казва по радиото, че някои се шегуват с него, тъй като е бил председател на Инициативния комитет за АЕЦ „Белене", тоест - той е от БСП", посочи Методиев.
Според Методиев председателят на БАН е авторитетен човек, „но тук не се избира експерт, това е политическа длъжност, политическа отговорност и всички видяхме какво се случи с предишния министър и какво се случи с много министри на образованието. Това са много сериозни неща и не трябва да се шегуваме с тези неща", добави той.
ГЕРБ твърдо се противопостави на тези твърдения. „Абсолютни спекулации са, че г-н Воденичаров е човек на БСП", заяви народният представител от ГЕРБ Румен Стоилов.
„За мен няма политическа номинация. Г-н Воденичаров, преди няколко месеца се оттегли от номинацията си за референдума, така че - това са абсолютни спекулации, че той е човек на БСП. За мен Стефан Воденичаров е човек на науката и човек, който би се справил със своите задължения като министър на образованието. Човек с неговата визия и с неговото умение да ръководи, ще се справи", заяви Румен Стоилов.
Като председател на БАН, Стефан Воденичаров започна много добре да се справя, подготви и започна структурни промени, които винаги сме изисквали, като народни представители, и като представител на научната общност - много добре ще се справя с работата си в качеството на министър на образованието, посочи Стоилов.
„Фонд "Научни изследвания" не се управлява лично от министъра на образованието, предполагам, че г-н Воденичаров има своя визия за действието на фонда, да не забравяме, че той е един от сериозните учени в България, доказал се е и със сигурност ще бъде назначен човек, който сериозно ще се занимава с този фонд", допълни той.