Борислав Борисов работи в митническата администрация от 1995 година. От 2002 г. е директор на дирекция "Митнически режими и процедури", а в периода септември 2010 г. – август 2013 г. е заместник-директор на Агенция "Митници", се казва в официалната справка, разпространена от Министерството на финансите.