Заличаването на "Интертото" от лятото на 2009 е причина за разпъването на Купата на УЕФА до цели 160 участника, без да се броят двете порции приходящи от Шампионската лига (общо 25 от квалификациите и 8 от груповата фаза).
Промените във второразредния и наричан "утешителен" турнир за Купата на УЕФА засягат предварителната фаза и директно няма да се отразят върху бройката (три) и мачовете на българските представители. Същинският етап с групите е пипнат козметично.
1. От 2009 до 2012 груповата фаза в Купата на УЕФА ще включва 48 отбора, разделени в 12 групи по 4, от които за 1/16-финалите се класират първите два (общо 24) плюс 8-те, заели третите места в групите на Шампионската лига (сега групите са 8 с по 5 отбора, от всяка напред продължават първите три).
2. Настоящият първи кръг в Купата на УЕФА става част от квалификациите. Така кръговете стават четири.
3. Единствено носителят на трофея ще влиза директно в групите. Всички останали отбори трябва да преминат квалификации.
4. Към квалификациите се отварят 37 допълнителни места, за да бъдат интегрирани отборите на държавите с нисък коефициент, получавали изявя в "Интертото". Летният турнир се закрива, а допълнителните места са основно в началния, първи квалификационен кръг на Купа УЕФА и касаят държавите от 22-о място надолу в ранглистата. Във втория квалификационен кръг се отварят шест нови места за отбори, завършили на 4-о място в първенствата на държави от 10-о до 15-о място в ранглистата и едно за петия от първенството на държавата с девети коефициент. От същата №9 от ранглистата четвъртият в първенството влиза в третия кръг на УЕФА.
Със своята позиция 17-18 в ранглистата България не попада в споменатите нови квоти и така губим петия си участник в Европа. Това до известна степен може да се сметне и за закономерно, след като в последните години БФС едва успяваше да намери кандидат за участие в "Интертото", а последният такъв - "Черно море", се замеси в подозрения за букмейкърска афера с победата 4:0 като гост на "Македония Гьорче Петров" в началото на юли. Един австриец на име Капъл реши да си рекламира работата на български гръб, разгласявайки едва ли не готова присъда от т.нар. разследване на мача, преди Дисциплинарната комисия на УЕФА да е разгледала фактите. От "Черно море" твърдят, че заключенията на австриеца са предположения, базирани върху слухове. Очаква се решение идната седмица, като в най-лошия случай "Черно море" може да получи 1-годишна забрана за евротурнирите.
Още една промяна от сезон 2009/2010 касае България. Свързана е със стремежа на УЕФА за по-ползотворен маркетинг. Мачът за Суперкупата на Европа между победителя в Шампионската лига и носителя на Купата на УЕФА, който се играе през август, ще бъде включен към пакета телевизионни права за ШЛ. У нас мача за Суперкупата се предаваше от БНТ, а пакета от най-престижния турнир е в ръцете на Би Ти Ви.