Стелиян Стойчев беше участник в протестите на Екогласност от октомври 1989, когато режимът на Тодор Живков все още съществуваше. Беше един от създателите и ключовите фигури на първата свободна младежка организация, възникнала след 45 години комунизъм –Независимото студентско дружество (НСД).

През зимата и пролетта на 1990 г. участваше в преговорите на Кръглата маса - инициатива, която позволи въвеждането на многопартийна система, организирането на свободни избори и допускането на свободен печат. През лятото на 1990 г. той участва в студентската стачка, довела до оставката на президента Петър Младенов. .