Не за пръв път нещастие спохожда популярната актриса - през 2000 г. тя прекара тежка форма на вирусен енцефалит, а лекарите не бяха оптимисти, че Минели ще проходи отново. Тя обаче ги опроверга и още през 2001 г. се завърна на сцената. По-късно претърпя и няколко операции на бедрото и колянната става.

Лайза Минели стана особено популярна с ролята си от 1972 г. във филма  на Боб Фос „Кабаре", заради която си извоюва „Оскар", „Златен глобус" и наградата на Британската киноакадемия.