Петрунова бе на временния ръководен пост в музея от месец октомври 2017 г., след като дългогодишния директор проф. Божидар Димитров обяви, че се пенсионира.

Бони Петрунова е признат археолог, ръководител на много експедиции и проекти. Била е зам.-министър на културата, зам.-директор на Националния археологически институт с Музей към БАН /НАИМ-БАН/, ръководител на Секцията по средновековна археология при института.

Ръководител е на повече от 50 археологически експедиции - теренни проучвания и разкопки, на различни проекти, свързани с археологически проучвания, туризъм, популяризиране и опазване на българското културно-историческо наследство. Автор е на повече от 200 книги, статии, монографии, научнопопулярни публикации.