Той влезе в открит конфликт с Мавродиев преди около година, след като подписа отворено писмо заедно с още няколко негови колеги, в което изразиха несъгласието си  с поведението на председателя на регулатора. Богоев бе сезирал и компетентните органи да извършат пълна ревизия на КФН.

„Представете си, вие вземате заплата в един такъв орган, никога досега не сте работили такава работа. Когато ви се каже "тези фирми трябва да бъдат преследвани, а тези не, защото са "наши", вие как бихте реагирали?. Това е практиката, това е стилът, Мавродиев не контактува със служителите, само с двама-трима души от екипа си. Дори със заместник-председателите не контактува, с членовете не контактува. На заседания не идва... Стоян Мавродиев можете да отидете да го засечете в хотел „Арена ди Сердика” – там стои от сутрин до вечер, там носят пощата, там преглежда всички документи”, разказа Богоев пред БНР.  

Ден по-рано в столицата се проведе протест срещу решението на комисията, ръководена от Мавродиев, да санкционира с тлъсти глоби няколко медии.